肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口。主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适，病人常不介意。
检查：外口呈乳头状突起或肉芽组织的隆起，压之有少量脓液流出，低位肛瘘常只有一个外口，若瘘管位置较浅，可在皮下摸到一硬索条，自外口通向肛管。高位肛瘘位置常较深，不易摸到瘘管，但外口常有多个。由于分泌物的刺激，肛周皮肤常增厚及发红。
